光緒十三年（1887年），因木造廟宇破損，當地紳士陳國、陳圍發起重建，以磚修廟，日本昭和十二年（1937年），廟宇破損，元長檀越李于音及管理人蘇看，募款修建殿宇、禪房。 二次大戰結束，1946年，陳勳鑒及廟宇陳舊狹窄，不能容納逐年增加的香客及住宿，與仕紳陳通諮商後，邀蘇看等四人籌組信徒大會及興建委員會，於1947年召開信徒大會，推陳通為主席，決議廟宇全部重新興建，善男信女踴躍捐獻，1951年殿全部拆除，後重修畢，入火安座，1952年竣工。 馬鳴山鎮安宮建醮 馬鳴山鎮安宮建醮2023 後殿於1984年改建鋼筋水泥三層宮殿，分別供奉觀音菩薩、三官大帝、玉皇大帝。 馬鳴山鎮安宮建醮2023 馬鳴山鎮安宮建醮 馬鳴山鎮安宮建醮2023 1980年後，台灣經濟發展迅速，本地鄉民多到他鄉奮鬥謀生且落地生根，自行雕刻神像，分靈供奉者甚多。
再者，各地感受神威顯赫而自行雕塑神像奉祀者甚眾。 各地宮、廟、寺、壇、堂……等，紛紛向本宮申請分靈，期能借助千歲神威，救濟世人。 因此分靈廟陸續在各地誕生，並擴散至全台各地。 因為這樣，使得馬鳴山鎮安宮晉昇成一個知名性的廟宇。 馬鳴山鎮安宮建醮 鄭氏東寧永曆十六年（清朝康熙元年，1662年）馬龍山鄉民奉祀之「朱府王爺」降乩曰：「本庄西北方草港，有天神駕臨，應即前往迎接鑾駕，回來供奉。」鄉民前去果然發現王船，上有神像三尊、香爐一個、藥籤簿一冊，並有紅綾，上書五年千歲十二王爺之姓氏與誕日。
馬鳴山鎮安宮建醮: 奉祀神聖
五年千歲十二王爺以天干地支去輪值科歲年，十二位千歲值年分別為「子年張千歲，丑年徐千歲、寅年侯千歲、卯年耿千歲、辰年吳千歲、巳年何千歲、午年薛千歲、未年封千歲、申年趙千歲、酉年譚千歲、戌年盧千歲、亥年羅千歲」 馬鳴山鎮安宮建醮 鎮安宮每四年，每逢寅、午、戌年，舉行一次三朝三醮大典，稱大科年。 馬鳴山鎮安宮建醮 供奉五年千歲的廟宇，會在寅年、午年、戌年作醮，每十二年間，三度作醮。 馬鳴山鎮安宮建醮2023 因為每次作醮，相隔四年，若連首尾，即是五年一度，故信徒通稱其為「五年千歲」。
而後，馬龍山、昌南、新厝、芋頭、呂厝、同安、林朱寮等七庄檀越鳩資建廟奉祀，祈求平安。 前庭有龍泉噴水，后殿裝人造影山稱曰「紫雲山」中殿拜亭，兩側備有盥洗處。 民國五十三年十月在東側興建二層香客大樓一棟，共七百餘坪，專供遠方香客住宿，東側及后方備有浴室盥洗處，庭院種植花木，幽雅青翠，夏天涼爽，冬天避風，聊作閑談休息處所 。 馬龍山因堪輿學上有「馬龍相會」格，風水甚佳，故稱「馬龍山」。 馬鳴山鎮安宮建醮 因漢字「龍」與「鳴」於地方閩南語腔調相似[註 1]，臺灣日治時期官吏誤記為「馬鳴山」。 日本投降後，鄉民原本有意投書國民政府，正名為「馬龍山」，後因有學者查出大乘佛教有祖師「馬鳴菩薩」，士紳皆認為「馬鳴」其名非常吉祥，故沿用至今。
