2017年11月的立法會文件顯示，西九龍站始發的列車不會直達西安、成都、南京、重慶、昆明和南寧，至此直達城市為10個，政府文件指乘客可以在內地轉車到達[97]。 此外，作為跨境鐵路的鐵路站，香港西九龍站設立了一地兩檢模式的出入境口岸為乘客辦理出入境手續[21][22][23]。 2018年1月31日，香港政府向香港立法會大會提交《廣深港高鐵(一地兩檢)條例草案》並進行首讀，隨後立法會成立一地兩檢法案委員會對法案進行詳細研究[114]。
高鐵西九龍總站設有5層，分別為地面大堂、地下一層（B1）售票大堂、地下二層（B2）入境層、地下三層（B3）離境層和地下四層（B4）月台層。 西九龍站平面圖 西九龍站平面圖 為應對2019年7月7日反對逃犯條例修訂草案遊行所致的安全風險。 7月6日，港鐵宣佈當日只限持有當日高鐵車票或購票憑證，並持有有效旅行證件之乘客才能進入西九龍站，同時要求離境旅客於D入口進站，入境旅客則須以K出口離站。
西九龍站平面圖: 相關事件
[13][14]政府作為九鐵公司的唯一股東，日後九鐵公司派發股息時，政府可因九鐵公司從港鐵公司收取服務經營費而間接得益。 西九龍站平面圖2023 香港政府另外以象徵性每年1000港元租出西九龍站內地口岸區予內地相關部門。 廣深港高速鐵路嘅香港西九龍站喺2018年9月23號啟用之後，乘客可以由九龍站去西九龍總站轉高速鐵路，前往中國大陸，亦將設有行人隧道連接九龍站同柯士甸站，但仍唔會提供東涌綫同西鐵綫之間嘅八達通一程車程轉乘。
如欲查詢更多有關香港西九龍站附近的專營巴士及專線小巴服務及收費詳情，請使用運輸署「香港出行易」流動應用程式或聯絡巴士公司或專線小巴營辦商。 同時設面積約3.8萬平方呎的「The Plateau」休憩用地，可作藝術展覽和音樂表演等用途，較中環皇后像廣場3.55萬平方呎大。 香港西九龍站各樓層皆設有男、女洗手間，同時亦設有無障礙多目的洗手間，方便乘客使用。 惟根據香港的法定安全規格，必須使用13安培（13A）的三方腳插頭，旅客須自備此款插頭的轉接器，以符合安全規定。 各個流動裝置充電設施亦設有USB插座，旅客可自攜USB連接線以便充電。
西九龍站平面圖: 香港西九龍站
而車站地面亦設有上落客區及穿梭巴士站，喺機場快綫月台旁設有的士站，方便往返香港國際機場嘅旅客使用。 當中持有承認乘搭機場快綫有效憑證下可免費享用機場快綫穿梭巴士往返九龍各間酒店，或者用八達通卡免費轉港鐵去其他車站。 車站同時設有停車場，乘客可以揸車去九龍站停車場泊車，然後再轉機場快綫往返香港國際機場。 香港西九龍站的G层为设有多个出入口的大堂，B1层为票務大堂，B2层为抵港大堂，B3层为離港大堂。 B1层的票務櫃枱分别设有跨境车票（往返內地與香港）和内地车票（非以香港為起点或終點的內地段）两个区域，均提供车票出售、退、改签以及索取報銷憑證等服务[註 5]，亦设有优先通道的票務櫃枱和失物办事处。
因应目前启用月台的数量以及车站设计，目前候车区开放4-9及11、14、15、18号检票闸口通往B4月台层，不设12、13、16、17进站闸口[18][39]。 西九龍站平面圖2023 B3层的候车区内设有名为《香港文化地圖》的艺术墙，为艺术家、中央美术学院实验艺术学院院长邱志傑「世界地图计划」中的其中一幅作品[16][70]。 艺术墙和候车区的绿化墙合为一体，展现了许多具有香港本土特色的景象[18]。 除此之外，候车区内设有西九龙站派出所，由广州铁路公安局深圳公安处派驻民警，负责公共安全工作[39]。
西九龍站平面圖: 車站另名
警方其後表示他在當日中午經羅湖口岸出境後便無入境紀錄[175]。 西九龍站平面圖 公會對人大常委會決定指令特區政府「應當」立法落實合作安排「表示震驚」，認為等同「但凡全國人大常委會所說符合便是符合」[138][139][140][141]。 法政匯思何旳匡認為，出租土地不改變香港行政區域界線，根據《基本法》第19條，香港終審法院對口岸區應當享有終審權[142][143]。 2017年12月27日，全國人民代表大會常務委員會以158票全票通過批准《合作安排》，並「確認」《合作安排》符合中華人民共和國憲法和香港特別行政區基本法。 [9][106]同時，《合作安排》終於解密公開[44][107][108]。
同時在H出入口旁設升旗廣場，每天定時有警察進行升、降旗儀式[76]。 有旅遊界人士认为，尽管12月有望通關，但通關人次應有一定限額，而重開的關口亦以陸路為主，高铁可能最快2022年初或第三季才恢復服务。 之后旅遊業界又轉述內地鐵路部門人員稱，高鐵没有11月底恢复的可能，相關網頁應為顯示錯誤，現已移除[224]。 內地口岸區的總樓面面積約10萬平方米，包括西九龍站B2、B3層劃定區域、B4層月台區域及有關連接通道[註 6][41]，包括內地監管查驗區、內地辦公備勤區、離港乘客候車區、車站月台和連接通道及升降機。 香港特區境內的廣深港高鐵營運中的列車車卡（包括行駛中、停留中和上下乘客期間）亦視作在內地口岸區範圍之內[42]。
西九龍站平面圖: 車站街道圖及站內位置圖
根據中國國鐵2023年7月1日的調圖，香港西九龍站擬加開往成都東站的長途線，至此香港直達內地城市高鐵站將增加至69個[113]。 香港西九龍站座落於港鐵九龍站與柯士甸站之間，以發展為香港鐵路交通樞紐為目標。 乘客透過地面行人區和多條行人天橋和行人隧道接駁港鐵九龍站及柯士甸站。
由香港西九龍站步行至九龍站需要8至10分鐘，至柯士甸站則只需要2至3分鐘。 2018年10月1日起，12306网站及客户端可直接以微信支付香港錢包消費，會自動換算人民幣，亦迴避了購票手續費。 2018年3月至4月中，立法會一地兩檢法案委員會進入逐條審議階段。
西九龍站平面圖: 旅客列车目的地
小童八達通特惠車費只適用於3-11歲的小童；而特惠單程票或二維碼車費則只適用於3-11歲的小童及65歲或以上長者。 西九龍站平面圖 然而，該東九龍綫計劃輾轉演變成今日的沙田至 中環綫，亦不再提出設站於九龍站，故九龍站密閉空間在可見將來已無用武之地。 育嬰間分別位於B1 (3間)、B2 (4間)、B3 (5間), 為確保育嬰間衛生，我們會定時進行清潔和消毒。 本站設有42間商店／自助商店／自動售賣機（截至2020年2月），最新商店資訊可瀏覽港鐵網站「商店搜尋器」。 西九龍站平面圖2023 然而，該東九龍綫計劃輾轉演變成今日的沙田至中環綫，亦不再提出設站於九龍站，故九龍站密閉空間在可見將來已無用武之地。 坐落九龍站的綜合購物商場Elements(圓方)，面積約90萬平方呎，引入多元化著名商戶，讓你盡情購物，滿載而歸。
其中休憩用地由2.5萬平方呎，增加至9.1萬平方呎，商廈部分每層均設有園景露台和天台花園。 [81]同時設面積約3.8萬平方呎的「The Plateau」休憩用地，可作藝術展覽和音樂表演等用途，較中環皇后像廣場3.55萬平方呎大。 中國邊檢在開通初期簽發的出入境記錄憑證中「出入境口岸」一欄曾將該口岸名稱標識為「深圳西九龍」[65][66]。 對此，深圳出入境邊防檢查總站表示這並非口岸的真正名稱，且不代表地理含義。 [67]實際上，「深圳西九龍」代表的含義為「中華人民共和國深圳出入境邊防檢查總站西九龍出入境邊防檢查站」，但現時該欄位已改用「西九龍」標識口岸名稱。
西九龍站平面圖: 內地口岸區疑似設置宿舍
香港入境處回覆媒體時表示已透過特區政府駐粵經濟貿易辦事處跟進事件，並按當事人家屬的意願提供適切的協助及意見但未有證實事件[176]。 及後廣州鐵路公安局深圳公安處稱西九龍派出所8月8日及9日並無抓捕紀錄。 西九龍站平面圖 西九龍站平面圖2023 2019年8月8日，任職英國駐港總領事館貿易投資相關工作的香港人鄭文傑，晚上10時許從深圳乘坐高鐵回港期間與家人和女友失去聯絡，在西九龍站內地口岸區被捕。 一名女子其後在8月9日到灣仔警署報案，列作「失蹤人士」案件，由西九龍總區失蹤人口調查組跟進。
遊客批評港鐵對行李規限執法過嚴，比內地鐵路站和香港國際機場要求更高，深感不滿。 其他批評包括港鐵臨時更改上車閘口、月台層候車指示不清晰以及閘機未能讀取車票等。 港鐵車務總監劉天成稱首日車務運作整體暢順，但需時磨合，公司會檢視及改善。 九龍塘車站附近的住宅發展以及香港城市理工學院（今香港城市大學）遷入，導致該站乘客數量增加，因此九鐵再耗資850萬元，在北行綫月台增建出入口大堂。 該大堂於1992年9月30日由九龍城區議會交通及運輸委員會主席蔣世昌、九鐵客運監督白朗恩（Martin Brown）及九龍塘車站站務經理劉衛雄主持啟用儀式。 配合九廣鐵路（英段）電氣化，九廣鐵路九龍塘車站於1982年5月4日啟用，以地下通道與地下鐵路九龍塘站相連。
