然而，8月11日警方闖入葵芳站及太古站鎮壓示威者及施放催淚彈，部份示威者指責港鐵未有譴責警方濫暴行為及未有徹底清潔車站，開始對港鐵有不滿情緒。 8月22日港鐵遭《人民日報》批評「護送黑衣暴徒離開」後，對示威者的態度轉趨強硬，開始在示威地區預早關閉車站及暫停服務，引起示威者強烈反感，並冠以「黨鐵」的貶稱[183]。 此後，示威者開始進行針對港鐵的報復行為，包括以「跳閘」方式不付車資乘搭港鐵、在車站塗鴉，以及對閉路電視、閘機及售票機等對車站設備及列車大肆破壞甚至縱火。 8月31日太子站襲擊事件後，因港鐵不願公開站內閉路電視片段（及後港鐵敗訴，需要公開一些閉路電視片段的截圖，但同時限制不得複製或公開該片段），令港鐵繼續成為示威者的破壞目標。
港鐵公司亦有意參與探討港深機場聯絡綫（香港段）及啟德環保運輸系統項目的興建及營運[27][28]。 港鐵公司的免費機場快綫穿梭巴士主要服務乘搭機場快綫乘客及機場快綫香港站及九龍站附近主要酒店及交通交匯點。 其中4條（H1，H2，H3，H4）往來香港站，5條（K1，K2，K3，K4，K5）往來九龍站。 唯所有路線因2019冠状病毒病疫情的原因，已於2020年6月起停辦。 2007年12月2日，九廣鐵路公司（由香港特區政府全資擁有）所經營的網路「合併」由地鐵有限公司營運。 地鐵有限公司的中文名稱改為「香港鐵路有限公司」（港鐵公司）。
港鐵站站通: 公司管理每況愈下 鐵路安全無保證 撞車、出軌嚴重事故頻生
港鐵公司在物業發展方面的做法是安排第三方發展商根據港鐵公司的要求進行實際發展工程。 一般而言，發展商負責支付所有發展成本（包括政府地價、建造及準備工程成本、市場推廣及銷售開支、專業費用、財務費用及其他開支），並須承擔一切發展風險。 港鐵公司透過與發展商按協定比例攤分銷售或租賃物業的利潤（經扣除發展成本）、攤分實物資產或透過發展商支付的預付款項從物業發展中獲得利益。 港鐵公司負責以東鐵綫營運羅湖及落馬洲至紅磡的香港及過境客運服務。 同時，港鐵公司亦以雙層「Ktt」列車（「廣九直通車」）營運往返中國廣州的城際客運服務，讓中國鐵路公司營運來往香港和內地六個城市之間的直通車，這些城市分別為東莞、廣州、佛山、肇慶、北京及上海。 港鐵公司成立初期已經與地產發展商合作，在車站與車廠上蓋及周邊從事住宅及商業物業發展及銷售；而且擁有一個投資物業組合作長期投資，並提供物業管理服務。
港鐵列車車廂數目由地鐵通車時的210節，增加至2,106節[6]。 8月30日九個傷殘人士組織包括自強協會、香港自閉症聯盟及龍耳等向政府及港鐵發表聯署公開信，反對港鐵的封站措施。 該信件指出港鐵多次以人流控制、配合警方行動等原因，關閉不同港鐵站出口，亦安排列車不停某些港鐵站。 這指施不但影響乘客，更令有需要旅行的傷殘人士大受影響[174]。 2019年10月6日，港鐵關閉48個車站，其中馬鞍山線全線暫停，重開45個車站。 晚上8點22分，港鐵表示，由於大量車站遭到反修例示威者暴力破壞，港鐵宣佈全線暫停服務，僅維持機場快線香港站及機場站兩站服務。
港鐵站站通: 港鐵車站商店
港鐵公司與其公私合營夥伴合組的公司，在2006年4月12日與北京市政府簽署了北京地鐵4號線項目的《特許經營協議》，項目總投資金額約153億元人民幣，是集團海外業務發展上的重要里程碑。 北京地鐵四號綫不但是京港合作其中一個最大的投資項目，也是港鐵公司在中國國內首個以公私合營模式合作投資、開通和運營的鐵路項目。 在興建鐵路的同時，港鐵公司根據與多家物業發展商訂立協議，參與發展港鐵站及車廠上蓋及附近的住宅及商用為主的物業。 港鐵公司從這些發展項目所得的利潤補充相關鐵路收益，從而提高興建新鐵路綫的投資回報率。 另外，香港國際機場旅客捷運系統的維修合約是港鐵公司為期最長的顧問服務，為港鐵公司帶來每年約2億港元的收入。 港鐵公司亦提供車站展覽場地，現時市區綫及機場快綫車站，共有51個展覽場地，加上在東鐵綫車站的14個展覽場地，為各參展商提供大小不同的場地，作為展出商品及推廣服務。
八達通行政總裁前陳碧鏵當時強調，八達通公司並沒有向任何機構出售客戶個人資料，但有參與日日賞計劃的商戶信諾環球前僱員指控陳碧鏵說謊，指八達通早已將會員身份證等個人資料，轉交信諾作電話推銷保險用途。 深圳地鐵4號綫全長31.3公里，共23個站，從福田口岸作起點直達龍華新區。 龍華綫連接港鐵落馬洲站，將深港兩地的鐵路服務緊密連接起來。 龍華綫一期從福田口岸站至少年宮站，一期長4.6公里，於2004年12月28日通車，二期長16公里，設有10個車站，連接少年宮站至清湖站，於2011年6月16日開通。 [9][55][56]三期長10.7公里，設有8個車站，連接清湖站至牛湖站，於2020年10月28日開通。
港鐵站站通: 營運深圳地鐵評價不佳
2003年12月20日，九廣西鐵（今西鐵綫）正式通車，以深水埗區的南昌站作為終點站 。 雖然打著方便新界西北居民直達市區的旗號，但始終南昌站並非市區中心，以市區邊緣作為終點站的做法為人詬病，這被認為是西鐵綫通車後乘客量比預期中要低得多的主因。 港鐵站站通 九龍南綫接駁東鐵綫尖東站和西鐵綫南昌站，策略性地把東鐵綫、西鐵綫的南面兩端連接起來，乘客可透過鐵路由新界東直達新界西。 香港特區政府於2005年6月24日將已審批的九龍南綫方案刊登憲報，8月開始批出合約，而土木工程則於2006年開始，還有（啟德環保架空鐵路）不過可能2027年興建，九龍灣連接到鑽石山丶啟德站途經啟德郵輪碼頭邊緣。
- 9月20日港鐵主席歐陽伯權接受訪問時表示，港鐵在運動初期的處理手法是「效果欠佳」及「難睇」，又稱提供特別班次接載滯留示威者離開的影像是「好肉酸」，民主黨立法會議員尹兆堅批評有關言論無助改善港鐵形象[184]。
- 該信件指出港鐵多次以人流控制、配合警方行動等原因，關閉不同港鐵站出口，亦安排列車不停某些港鐵站。
- 中科再次重申，既然就連禮頓代表都已當場知悉證供，港鐵根本沒有合理理據隱藏該等資料，而港鐵律師一直保持沉默，有容許禮頓影響報告(向路政署提交)內容之嫌。
- 而於兩鐵合併後，港鐵公司和九廣鐵路公司持有的股份則維持不變[45]。
屯門來往荃灣西維持5至10分鐘一班車，而紅磡來回南昌站亦維持5至10分鐘一班車。 服務受延誤約2小時，直至上午9時，工程人員確認高壓電纜運作正常，立即將肇事列車拖回機廠，所有列車服務於9時40分回復正常。 每個月台兩端均有壓力感應器，一旦有人經月台兩端的樓梯步行到路軌，感應器便會傳送信號到站長室，通知職員。
港鐵站站通: 發展新方向（2000年至2007年兩鐵合併）
車廂可能是單層或雙層，常見的單層車廂的載客量約80至110人，雙層的約145至170人。 例如在英國，即使不是使用橫向座椅的列車，也可被看作通勤動車組。 不過如以日本的標準來看，大部分西方國家的「通勤動車組」則只可被看成近郊型列車。 但以日本標準來看，香港東鐵綫列車則可被看成「近通混雜」型，有時亦皆可被看成近郊或通勤型。 不過 E217 系為近郊型，而 207 系則機件配備和列車性能介乎於近郊及通勤，但擁有通勤式車體設計而被定為通勤型。 後來，自E231系的出現，鑑於其分成通勤和近郊型的特點，後來JR也出現了一種新的電車種類：一般型電車。
另外，所有西鐵綫車站，東鐵綫尖東站的幕門指示亦已經被轉換成港鐵的格式。 港鐵網絡由香港地鐵和九廣鐵路於2007年12月2日合併而成，九廣鐵路公司根據《兩鐵合併條例》將大眾運輸業務交予更名為香港鐵路有限公司的原地鐵有限公司，形成現今的港鐵網絡。 港鐵作為八達通控股有限公司大股東，於2010年中被質疑出售八達通持卡人資料至第三方作商業用途。 港鐵站站通2023 同年六月有市民發現八達通卡的「個人資料聲明」中，列明該公司在卡主不反對下可把卡主個人資料用作推廣及直銷用途。
港鐵站站通: 將軍澳南支線（康城站）及九龍南線（2009－2014）
香港政府在《鐵路發展策略2000》中建議興建「九龍南環線」。 2002年9月24日，香港政府邀請當時的九廣鐵路公司就九龍南環線著手進行詳細規劃和設計工作。 2003年12月20日，九廣西鐵（今西鐵線）正式通車，以深水埗區的南昌站作為終點站 。
- 2019年香港爆發反對逃犯條例修訂草案運動，各區不斷出現示威活動。
- 於2007年上半年已就北京2個辦公室及商業發展項目簽署一份諒解備忘錄，一個位於光華路，另一個位於西單。
- 受事故影響，東鐵綫紅磡站至旺角東站服務全日暫停，旺角東站至羅湖站服務維持6分鐘一班，旺角東站至落馬洲站服務維持18分鐘一班，另安排免費接駁巴士往來大圍站至鑽石山站，而19班城際直通車班次取消[111]。
- 該路段北端連接廣深港高速鐵路廣深段，並與38,000公里長的中國高速鐵路網路相通[24]。
- 1998年，一條特別為香港國際機場而建造的鐵路機場快綫落成啟用。
- 為進行跟進修復，控制中心宣佈暫停東鐵綫全線列車服務，包括城際直通車也停駛。
- 由港鐵公司擁有的東涌纜車項目名為「昂坪360」，是香港一條連接大嶼山東涌及昂坪的纜車（吊車）路綫，系統並由附屬於港鐵公司的昂坪360有限公司管理及營運。
- 加泰隆尼亞、巴斯克自治區等地，因為權力下放，因此更早成立通勤鐵路系統。
1984年1月，地鐵宣佈在車站試行長短更製成績令人滿意，並將在2月初在列車司機部試行長短更制。 1月21日，工會召開會員大會，列車司機認為在車站方面前車可鑑，即使與管理層談判亦是白費心機的，會議通過採取工業行動，即時生效。 由於事出突然，令管理層措手不及，再加上勞工處及多個勞工團體領袖如：基督敎工業委員會主任劉千石、香港教育專業人員協會會長司徒華、政府土地測量員協會主席黃偉雄等排解下，雙方終於在勞工處代表見證下簽訂協議。 列車司機職工會於1980年5月成立，當時有會員110餘人，有90%列車司機參加。 在一次試車時，列車司機拒絶服從英國行政總裁的命令，為來賓奉上飲料，認為這不是工作範圍，行政總裁不滿地說：「由現在起，所有列車司機不獲升遷」，激發了本地基層員工感覺有成立工會的需要。 地下鐵路車務部職工會前身為「列車司機職工會」，現屬香港鐵路公司員工協會。
港鐵站站通: 維修機廠
儘管港鐵公司持有八達通控股有限公司57.4%已發行股份，但本公司於八達通控股有限公司董事局會議的投票權以49%為限，而概無八達通控股有限公司的股東可能夠單方面控制八達通控股有限公司的董事局。 而於兩鐵合併後，港鐵公司和九廣鐵路公司持有的股份則維持不變[45]。 港鐵站站通 為充分開拓中國內地「港澳個人遊」這個市場的龐大潛力，港鐵公司與商業夥伴合作，為乘搭廣九直通車來港的內地旅客提供特別優惠。 港鐵站站通2023 與其他商業夥伴合辦的推廣計劃，還包括酒店套票、娛樂及旅遊景點優惠、零售商戶折扣優惠等。
此外，每個月台都設有緊急停車掣，防止有人墮到路軌而被列車輾過。 東鐵線因部份車站月台彎度過大及空隙較大，乘客可能會誤墮縫隙或被困於閘門與月台邊緣之間的空間，港鐵曾試驗安裝月台伸縮踏板。 有關羅湖站伸縮板的工程已經完成安裝，分別於2009年4月14至5月25日以及同年8月21至10月15日內試用，期間列車抵達車站時需要額外時間15-20秒。 港鐵就沙中線二期安裝全高式月台門及東鐵線加裝半高式月台門工程進行招標前的資格預審，工程範圍同時包括了為部份東鐵線車站加建月台伸縮板，羅湖、大學及至旺角東站會合共加建約140個伸縮板。
港鐵站站通: 港鐵公司
2022年11月16日，港鐵向政府提交油麻地站有列車偏離路軌及車門脫落的初步調查報告。 港鐵站站通2023 當日有約150名乘客事發後，經車尾緊急出口斜道，行路軌折返旺角站，港鐵車務總監李家潤表示，原意是安排乘客疏散到油麻地站月台，但因廣播問題，以致部分人往車尾緊急通道離開。 2019年10月9日，港鐵關閉7個車站，包括觀塘站、旺角站、將軍澳站、坑口站、車公廟站、沙田圍站、石門站，開放其餘車站，並預告晚上8點後全線提早暫停服務以便搶修[116]。 晚上8點22分，港鐵表示，由於大量車站遭到反修例示威者暴力破壞，港鐵宣佈全線暫停服務，僅維持機場快綫香港站及機場站兩站服務。
在某些城市，通勤鐵路跟一般城市軌道交通系統（或地鐵）之間的分別變得模糊。 通勤鐵路列車到了市中心會在高架或地下的路軌上行駛，到了市郊路段則回降至地面。 例子有西班牙馬德里的Cercanías，法國巴黎的RER，澳洲雪梨及墨爾本的近郊鐵路。 2019年香港爆發反對逃犯條例修訂草案運動，各區不斷出現示威活動。 2012年5月3日早上8時上班時間，西鐵線美孚站高架電車線發生電力故障，900名乘客被困車廂近兩小時，港鐵要疏散尾隨一部列車，由管道步行約100公尺返回車站月台。
港鐵站站通: 通勤铁路（市郊铁路）
非繁忙時間則設有來往調景嶺站及康城站的穿梭列車，每12分鐘一班，並不會有列車直接來往北角站和康城站，由北角站至油塘站、坑口站、寶琳站以及其他路線沿途各站前往康城站的乘客須在調景嶺站或將軍澳站轉乘穿梭列車前往康城站，而來往北角站至寶琳站的列車服務不受影響。 2007年12月2日，九廣鐵路系統正式結束其長達97年的服務，並與有28年歷史的地鐵系統合併成為「港鐵」系統。 港鐵站站通2023 原屬九鐵的東鐵、西鐵、馬鐵分別易名為東鐵線、西鐵線及馬鞍山線，而東鐵的旺角車站亦改稱旺角東站。 由當日起整體票價獲得調低，轉乘車費亦同時取消，但由於票務系統整合需時，至2008年9月28日方統一單程車票的使用。
由於4號線承擔了龍華區來往深圳市區的運輸，再加上深圳北站開通後带来了額外乘客，4號線的客流量早已超出了設計容量，又由于事故频发，早期更只有4节列車載客、班次疏落，即使現在全線改以6節車廂列車，客流量依然擁擠，令不少乘客都抱怨出行不便。 港鐵站站通2023 港鐵公布於2017年12月5日已向政府匯報，估計沙中線項目總成本將由708.27億元，增加165.01億元至873.28億元，包括備用資金及可能上調的項目管理費而需支付的款項。 加上沙中綫其他項目造價89.87億，以及金鐘站擴建工程超支8.48億，令沙中綫所涉工程總造價增至971.63億元，每公里沙中綫造價逾57億元，較廣深港高鐵每公里造價33億元貴72%，
港鐵站站通: 車票建議
迪士尼綫的欣澳站及迪士尼站車站設計以開放式為主，無安裝空氣調節，故此發明月台閘門。 隨著位於將軍澳南，鄰近將軍澳車廠的全新大型物業發展區日出康城入伙，港鐵於2009年7月26日正式開放康城站，而之前單純用來讓空車往返將軍澳車廠和將軍澳站、長達3.5公里的路軌亦開始負責康城站至沿線各站的客運服務。 康城站啟用後，將軍澳綫於繁忙時間以「3+1」（後來加密為「2+1」）形式行走兩條路綫：北角站至寶琳站，及北角站至康城站，即每3班往寶琳站的列車就有一班往康城站的列車提供服務。 原屬九鐵的東鐵、西鐵、馬鐵分別易名為東鐵綫、西鐵綫及馬鞍山綫，而東鐵的旺角車站亦改稱旺角東站。
涉事港鐵高層負責中國內地業務，曾參與港鐵物業發展的首個內地樓盤項目—深圳龍華車輛段天頌，疑因售樓過程中涉貪而捲入貪污調查。 當中包括31,200平方米的商場及兩幢共52,500平方米的寫字樓大廈。 地下鐵路公司保留其中一幢大廈，約33,500平方米的寫字樓樓面成為地下鐵路公司的新總部—「地鐵大廈」[85]，作為地下鐵路公司車務和行政等工作的辦公室。 而在重建期間（約1994年至1997年），地下鐵路公司的總辦事處就部份遷到「九龍灣宏開道8號其士商業中心十七樓」辦公，其後遷回原址[86]。 港鐵公司與發展商在車站和車廠上蓋及鄰近地方興建住宅及商業物業。
港鐵站站通: 車票種類
此外，瀋陽市政府亦與港鐵公司簽署另一份有關探討瀋陽市地鐵沿線及站點周邊房地產的合作開發協議，當中包括位處「金廊」的物業發展項目。 與此同時，瀋陽市政府與港鐵公司已成立聯合工作小組，現正探討未來瀋陽地鐵四號綫及二號綫北延的發展。 隨著業務持續發展，港鐵公司亦從有關鐵路的其他業務中賺取收入，包括經營廣告服務、車站小商店租賃及提供電訊服務；而且亦積極在香港以外跟其他機構合作，提供鐵路顧問服務，興建及營運倫敦地上鐵、深圳地鐵、北京地鐵等城市的鐵路系統。 近年，港鐵更成為「國際都市鐵路聯會（CoMET）（页面存档备份，存于互联网档案馆）」的創會會員之一[3][4]，及成為「國際公共交通聯合會（UITP）（页面存档备份，存于互联网档案馆）」的會員之一[5][6]。 2008年8月，港鐵公司成為唯一提供「北京奧運馬術比賽鐵路運輸服務」的交通運輸機構[7]。 在電子票務方面，港鐵公司成立了附屬公司「八達通卡有限公司」從事智能卡系統的營運，港鐵及其他主要交通營運商均利用八達通系統收取大部份車費，八達通卡公司更將其業務拓展至非運輸行業。
2021年6月27日，原屯馬綫啟德至紅磡段通車，屯馬綫一期及西鐵綫正式合併運作並由屯馬綫取代，乘客毋須轉車便可以往返屯門站至烏溪沙站沿途各站。 沙中綫項目把西鐵綫向東伸延，西鐵綫在經過紅磡站後，可以再途經何文田站、土瓜灣站、宋皇臺站、啟德站、鑽石山站及顯徑站到達大圍站，再連接整條馬鞍山綫（大圍至烏溪沙站），形成策略性鐵路走廊東西走廊，後來改稱為屯馬綫。 港鐵站站通 立法會議員林卓廷批評港鐵欺騙無企業道德，林港鐵審批公證行文件等同港鐵附屬組別，「非常可恥」。
