倘此站列車服務中斷，港鐵或會提供免費接駁巴士服務。 此站的接駁巴士上落客點設於深旺道「富昌邨」巴士站，可用，或依職員指示前往。 南昌站是屯馬綫及東涌綫的中途站，乘客可在此站乘搭屯馬綫列車，往返屯門、元朗、荃灣、九龍西部、九龍中部、城門河東部及馬鞍山新市鎮等地，或乘搭東涌綫列車，往返大嶼山、青衣、九龍西部及港島北岸等地。
南昌站原設有巴士總站（南昌站公共運輸交匯處），因興建上蓋項目而於2012年9月29日停用，由車站外的巴士站（「富昌邨」）取代。 鄰近的巴士總站是深水埗（東京街）巴士總站（現已拆除，由長沙灣（深旺道）臨時巴士總站取代）。 通車後，更可以取道西鐵綫來往尖沙咀及紅磡，相比起路面交通確實節省不少時間，因此此站能吸納不少當區居民和上班族。 此站上蓋物業匯璽於2018年落成，V Walk商場亦於翌年開業，再加上車站附近的海盈邨、海達邨、凱樂苑、凱德苑等新建公營房屋陸續落成，使南昌站使用狀況大大改善。
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有同樣推出過渡性房屋的團體認為，由於租約期太短，未能完全改善基層家庭的居住環境，而其他過渡性房屋項目也面對同樣問題。 總結有關項目經驗，他們建議盡快放寬過渡性房屋租住年限至5年，與「簡約公屋」看齊，最好容許住戶住到「包上樓」。 香港首間運用「組裝合成」（MIC）建築法興建的過渡性房屋項目「南昌220」去年11月結束後，今日會進行拆遷工程，有關的模件會搬到九龍樂善堂位於大埔的過渡性房屋重用。 南昌站嘅路軌同月台喺地面但唔通出去；大堂就喺地底；有4個側式月台，全部有幕門。 南昌香港 大公文匯全媒體報道：江西航空將於2月2日下午新開南昌-香港往返航線，這是江西航空首條地區航線的開通，同時這也是自新冠疫情發生以來江西南昌往來香港的第一個地區航班。 江西航空將於2月2日下午新開南昌-香港往返航線，這是江西航空首條地區航線的開通，同時這也是自新冠疫情發生以來江西南昌往來香港的第一個地區航班。
如果成事，來自新界嘅西鐵綫乘客就可以行過對面月台轉搭東涌綫過海，相反東涌綫乘客又可以行過對面搭西鐵綫去廣東道、尖東同紅磡一帶。 及東涌綫之間的轉乘設施，包括拆除南昌站大堂的轉車閘機，將兩個獨立收費區合而為一；以及鑿開1、4號月台之間的牆壁藉以增設轉乘通道，供東涌綫往香港方向的乘客，橫過月台轉乘西鐵綫往屯門方向的列車。 轉乘地鐵東涌綫，因此車站的售票及轉乘設施均與其他兩鐵轉車站有所不同。 位於南昌站的中央，設有數部轉車閘機及牆壁（現已拆卸），用以分隔兩鐵的付款區範圍。 而持有八達通的乘客可以於轉車閘機直接往返兩間公司的收費區，無須於其中一個收費區出閘，然後再次入閘。 南昌香港 此設計是兩鐵轉乘車站之中獨有，為此站一大特色。
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此站在规划期间曾经叫做钦州街站（英文：Yen Chow 南昌香港 Street Station）。 南昌站的路軌和月台在地面但不通出去；大堂就在地底；有4個側式月台，全部有屏蔽門。 南昌站的路軌和月台在地面但不通出去；大堂就在地底；有4個側式站台，皆有屏蔽門。 江西航空將於2月2日下午新開南昌至香港往返航線，這是江西航空首條地區航線的開通，同時這也是自新冠疫情發生以來江西南昌往來香港的第一個地區航班。
- 港鐵都會票、東涌—南昌全月通加強版、東涌—香港全月通加強版、屯門—紅磡全月通加強版、屯門—南昌全月通加強版、屯門—南昌全日通及部分港鐵紀念車票亦適用於此站。
- 港鐵在當晚約6時33分宣布關閉九龍站，直到當晚約11時03分重開。
- 而原本只作為落客用途的2號月台也成為前往紅磡站（現隨著屯馬綫全面開通延伸至烏溪沙站）的月台。
南昌站由九廣鐵路公司負責興建，為前九廣西鐵的一部分，其中東涌綫及機場快綫路軌位於西九龍公路高架橋下方。 南昌香港2023 因為車站大堂上方為機場鐵路，九鐵亦邀請當時的前香港地下鐵路公司在南昌站設置東涌綫月台，以方便乘客轉車。 而到2007年兩鐵合併後，雙方管理界限二合為一，而1、4號月台也隨著2008年兩鐵收費區合併後才得以打通。
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由於該兩條巴士路線分別直達旺角及深水埗，因此吸引乘客改用九廣西鐵經本站進出市區，使本站人流大幅上升。 南昌香港 2007年12月2號，由於兩鐵合併，南昌站統一由港鐵管理，九廣西鐵改名為西鐵線。 由當日起，乘客利用八達通轉乘西鐵線或東湧線轉車，可減免轉車費用。 大廳近B出入口設有香港郵政郵箱方便乘客在車站內投寄郵件。 之後九廣鐵路推出西鐵節日通（西鐵自悠通）同埋西鐵全月通等平過巴士嘅車飛，吸引乘客搭西鐵。 喺2004年8月22號開始，新巴路線701同埋702同西鐵提供免費轉乘優惠，由於701及702線巴士分別直達旺角同深水埗市中心，因此能夠吸引乘客改用西鐵經本站出入市區，使本站人流大幅上升。
因鄰近公共屋邨南昌邨而得名，但最接近此站的公共屋邨卻是富昌邨。 由於土地使用年期只有5年，扣除建造及申請等時間，租期至去年9月完結，最後一戶已於去年11月遷出，但僅2年的租住期，不少人都認為太短。 有人認為頻繁跨區搬遷，對有子女的家庭影響頗大，學童需要面對轉校及重新適應環境等問題。 南昌香港 南昌站喺2003年12月16號配合九廣西鐵試搭日而率先試用，並喺2003年12月20號九廣西鐵全線通車時正式啟用。
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D2出口隨匯璽第一期住宅於2018年11月入伙，於同月底重新啟用，變成連接匯璽與V Walk的通道。 在九廣西鐵早期的規劃時，此站稱為「欽州街站」（Yen 南昌香港2023 Chow 南昌香港 Street Station），是西鐵第一期在九龍市區的總站；隨後因應車站地處南昌邨以西，最終定名為南昌站。 2010年，有市民發現南昌站大堂收費區內近洗手間和東涌綫轉綫通道設置了兩部自動飲料售賣機（俗稱「汽水機」），售賣的飲料冷熱俱全，疑鼓勵乘客即場飲用，有引導乘客誤墮法網之嫌。
- 到當日傍晚6時許，當大批市民聚集在圓方連接九龍站的C出口時，九龍站大堂有約50名軍裝警員戒備，一度舉起黃旗警告。
- 南昌站中間有幾部轉車閘機同埋牆（2008年拆咗），用嚟分隔兩鐵嘅管理範圍。
- 南昌站在两铁合并前，曾是九广铁路和地铁唯一的共用铁路车站，并将车站分为两大收费范围，由两间公司分别进行管理。
- 南昌站喺2003年12月16號配合九廣西鐵試搭日而率先試用，並喺2003年12月20號九廣西鐵全線通車時正式啟用。
- 而持有八達通乘客可以於換乘閘機直接往返兩間公司的收費區，無需自其中一個收費區出閘然後再入閘。
- 基於南昌站的特別意義，港鐵選擇於當日早上十一時半假此站大堂近A出口舉行兩鐵合併慶祝典禮，由政務司司長唐英年和港鐵主席錢果豐主持。
「全月通加強版」共有五款，乘客除可於有效月份內無限次往來指定車站外，連接非指定車站的車程更可享正價車費75折#優惠。 轉乘優惠、特惠站優惠及早晨折扣優惠同時適用於全月通加強版往來非指定車站的車程(東鐵綫頭等額外費除外)。 2023年1月8日，内地与港澳人员往来措施优化：取消对香港、澳门来往内地航班客座率限制，逐步有序增加航班数量。 后续每周五、周日执飞往返航班，往返航班销售价格1450元起。 该价格不含燃油、税费，航班信息及价格请以最终订票查询为准。
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南昌站設有4個側式月台，而當中1、4號月台之間的牆壁則設有轉乘通道相互連接，而所有月台亦設有月台幕門。 與東涌綫的鐵路轉乘站，車站鄰近深旺道、欽州街西及東京街西，於2003年12月16日啟用。 南昌站因鄰近公共屋邨南昌邨而得名，但最接近車站的公共屋邨卻為富昌邨。 局方表示，新落成南昌家庭醫學診所，旨在強化深水埗區的基層醫療服務，逐步為市民提供醫生診症、專職醫療護理、慢性疾病管理和病人教育及支援等基層醫療和護理服務等。 〈兩鐵交匯車站動工 有史以來尚屬首次〉，載《策力》第93期（香港：九廣鐵路公司公司事務處，2000年2月）。 起，南昌站公共運輸交匯處永久停用以配合地盤施工，車站大堂連接公共運輸交匯處的D2出口亦由同日起封閉。
雖然本站曾經設有免費接駁巴士K16號前往尖東站及轉乘九廣東鐵(現稱東鐵線)，但九廣西鐵車費高昂，甚少乘客使用本站轉車，導致初期人流稀疏。 九龍站與柯士甸站並非為東湧線或機場快線與屯馬線正式的轉車站，乘客若在兩站間轉乘，無論使用八達通還是單程車票，均需當作兩段車程處理，並繳納再入閘收費，乘客須於本站轉乘，才能享有兩鐵合併後之票價調減。 2009年九龍南綫通車後，東涌綫乘客可以轉西鐵綫出尖沙咀同紅磡，經本站轉車嘅乘客有所回升。 南昌香港 另外，此站是眾多鐵路車站中唯一在收費區內設增值機的車站。 目的是減低乘客的八達通餘額不足，未能使用轉綫閘機轉乘，以及減低前往大堂兩端的客務中心增值帶來的不便，而增值機亦設於轉綫閘機附近。 南昌香港 自南昌站啟用後，車站主要客源為往返新界西北及東涌綫的轉車客源。
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深水埗南昌公園花樹的兩旁是大草地，你可以躺著賞花，或邊野餐邊賞花。 雖然小朋友也很喜歡植物 (閒時會到禮賓府欣賞綠葉)，但精力充沛的小朋友還可以在南昌公園的兒童遊樂場玩個夠。 南昌公園四季的景色都不同，春天黃花、夏天結果、秋天綠葉、冬天枯枝，不論是朝氣勃勃，或淒美滄桑，都有一番味道。
