靶向蛋白组学定量技术主要包括MRM（multiple reaction monitoring）和PRM（parallel reaction monitoring）。 靶蛋白 MRM也称为SRM（selected reaction monitoring），使用三重四级杆质谱（QQQ-MS）对符合目标离子规则的信号进行采集，从而实现目标蛋白质的相对或绝对定量。 PRM衍生于MRM，结合了四级杆的高选择性以及Orbitrap的高分辨和高精度的特性，在对选定的母离子进行裂解后会测量所有的碎片离子，具有更好的检测灵敏度和抗干扰能力。 无论X射线晶体学、低温电子显微镜还是建模，都很难获得对蛋白质降解作用机制至关重要的三元复合物的3D结构图像。 在fda批准的72种药物中，受体蛋白酪氨酸激酶是其中40种药物的主要靶点，其次是非受体蛋白酪氨酸激酶、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶和双特异性蛋白激酶。
李志裕指出，很多蛋白质具有生理功能，去除整个蛋白质，难以预测会给人体带来哪些负面影响；其次，PROTAC等TPD药物的合成很复杂，开发速度慢、成本高，还需要优化合成步骤。 虽说3位诺贝尔奖得主的研究成果奠定了TPD的理论基础，但TPD新药的研发直到近年才有了实质性进展，其中的技术挑战不言而喻。 靶蛋白 “这些挑战来自生物学和药物化学领域，例如如何设计、筛选、找到具有良好成药性的分子。
靶蛋白: 药物靶点
MHC類型I蛋白的配基結合強度取決於配基C末端的組成，因為肽段配基是通過氫鍵和與MHC表面的"B pocket"近接觸來結合的。 許多MHC類型I蛋白趨向於結合疏水性殘基，而免疫蛋白酶體複合物就可以更多地生成具有疏水性C末端的肽段。 ②如果寻找诱饵蛋白的所存在的可能的互作蛋白，则拿上一步的蛋白复合物去做LC-MS/MS，对照组、实验组的复合物分别做LC-MS/MS。
这一显著的成功是由于伊马替尼阻断了活性嵌合BCR-Abl蛋白酪氨酸激酶，而活性嵌合BCR-Abl蛋白酪氨酸激酶是导致这些白血病的致病生化缺陷。 因此，随着对各种疾病发病机制的进一步研究，蛋白激酶治疗靶点的数量极有可能显著增加。 适体嵌合体可以将膜蛋白（例如受体酪氨酸激酶MET和PTK-7）运送到溶酶体进行降解。 靶蛋白 总体而言，该方法提供了一个强大、高效和通用的平台来诱导膜蛋白的降解。 核酸适体相对于抗体具有许多优点，包括制备简单、特异性强、稳定性好等。
靶蛋白: 蛋白酶體的進化
仅在4年前进入临床开发阶段，初步的临床数据表明PROTAC用于癌症治疗的效果令人鼓舞和欣慰；我们热切期待更多来自PROTAC的临床研究数据，并为治疗其他疾病提供巨大的前景。 NX-2127可诱导弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）和套细胞淋巴瘤（MCL）BTK野生型细胞系中BTK降解；此外，BTK-C481S突变的细胞系对BTK抑制剂耐药，而NX-2127可有效抑制耐药细胞增殖。 NX-2127可高效降解BTK蛋白，抑制细胞增殖能力比BTK抑制剂更强。 RNA测序发现NX-2127下调了参与DNA复制和修复、细胞周期和生存信号通路相关基因的表达。
此外，尽管本综述侧重于PROTAC用于癌症治疗，但该技术可能也可靶向其他疾病相关蛋白（例如，自身免疫性疾病相关IRAK4），从而提供广阔的治疗潜力。 传统的肿瘤靶向治疗主要是抑制与肿瘤相关的各种激酶，然而，许多肿瘤相关靶点是没有催化活性口袋的蛋白质，这让传统的占位驱动型抑制剂难以进行靶向结合。 靶向蛋白降解技术（Targeted protein degradation，TPD）作为一种新兴的手段打破了这一限制，极大程度扩展了可靶向的蛋白质种类。 鉴定进行性心脏纤维化的新抑制因子可能为多种纤维化相关心血管疾病(如心肌梗死和心力衰竭)的干预提供新的治疗靶点。
靶蛋白: 蛋白调节剂
在靶向蛋白激酶治疗时代开始时，CML无治疗缓解的概念是不可想象的。 在21世纪的第一个十年，CML的药物治疗可以停止，疾病可以继续缓解的想法是一个白日梦。 蛋白质稳态，是指细胞用来维持蛋白质浓度、构象和亚细胞定位的高度复杂和相互关联的过程。 靶蛋白 靶蛋白 在真核细胞中，受损的蛋白质或细胞器可以被蛋白酶体或溶酶体清除。 一般来说，蛋白酶体通过泛素-蛋白酶体系统(UPS)消除短寿命蛋白质和可溶性错误折叠蛋白质。
HaloTag配基是小分子化学物，能够在体外或体内与HaloTag蛋白共价结合。 一些融合蛋白在0.2% Triton X-100或0.25% Tween 靶蛋白2023 20存在下不能有效结合，而其他融合蛋白则不受影响。 缓冲条件为pH7.0到8.5，盐浓度可高达1M，但不能使用变性剂。 “对于分子胶药物来说，目前研发的新药大多通过E3泛素连接酶的组成分子CRBN来降解蛋白，但即便是通过CRBN路径进行降解的蛋白，许多蛋白的功能也还不清楚。 目前，绝大部分药物是蛋白抑制剂，它们通过与致病蛋白特异性结合，来抑制其活性，以获得疗效。
靶蛋白: 細胞周期控制
但是雷帕霉素及其衍生物只能抑制部分mTOR的生物途径，4EBP诱导的途径和mTORC2途径对其不敏感。 与mTORC1不同，mTORC2主要充当胰岛素/ PI3K信号传导的效应子。 像大多数PI3K调控的蛋白质一样，mTORC2亚基mSin1包含一个磷酸肌醇结合的PH结构域，该结构域对于胰岛素依赖性调节mTORC2活性很重要。 在较大的蛋白蛋白界面中，热点可以在界面上分布得更多，其间距相当大。
泛素是一种多肽，由76个氨基酸构成，它能与蛋白质形成牢固的共价键，蛋白质一旦被它标记上，就会被送到细胞内的“垃圾处理厂”——蛋白酶体进行降解。 近日，位于江苏的医诺康宣布完成近亿元天使轮融资，本轮融资资金将主要用于两个靶向蛋白降解（TPD）平台的扩展与应用，推进多项肿瘤和肿瘤免疫药物管线研发。 靶蛋白 KT-413（以前称为KTX-120）将CRBN作为E3泛素连接酶配体，靶向IRAK4，该蛋白参与Toll样受体下游的信号传导，IRAK4是参与机体先天性免疫反应的关键分子。 可通过降低自由能或限制生物活性构象设计连接子，进一步增强效力。 这一策略已用于SMARCA2/4降解剂、AR降解剂研究，并在ER降解剂ARV-471中应用。 越来越多的研究集中在组织特异性或肿瘤特异性E3连接酶配体的开发上。
靶蛋白: 蛋白酶體
後者除了有相同效果之外，有些單株抗體會挾帶毒物，直接攻擊癌細胞，或是將變異的細胞標記，讓免疫系統可以辨認，並加以消滅。 此外，其實他們之間最大的差異，在於一個針對細胞內物質做標記，而另一種則是對細胞表面物質標記，根據所標記物所處的位置，選擇使用小分子藥物或單株抗體進行治療。 靶蛋白 随着FDA批准的新药数量减少，医药研发也经历着生产力的下降。 对疾病机制理解的进步表明，可以剖析复杂和多因素系统，以确定可靠、安全和有效的药物。
在解维林看来，分子胶和PROTAC的优势在于，它们有利于减少药物由于脱靶造成的副作用，也可以克服抑制剂药物由靶蛋白表达增高和变异引起的抗药性，还可以清除靶蛋白，消除其活性而增加药效。 靶蛋白2023 李志裕介绍，2019年，由Arvinas公司开发用于治疗前列腺癌的ARV-110成为第一个进入临床试验的PROTAC，其后3年间又有超过10个PROTAC也开始进行临床试验，且绝大部分的适应症集中在肿瘤领域。 第二信使释放酶主要分为两类，均被不同类型的G蛋白激活或灭活。 Gαs和Gαi亚型分别激活或灭活腺苷酸环化酶，该酶将三磷酸腺苷（ATP）转换成环状单磷酸腺苷（cAMP），在此过程中释放出无机焦磷酸盐。 其他亚型（例如Gαq或Gαo）将激活磷酸肌醇磷脂酶C酶（PLC），该酶将磷脂酰肌醇4,5-双磷酸酯（PIP2）水解为sn-1,2，二酰基甘油（DAG）和肌醇1,4,5-三磷酸（IP3）。
靶蛋白: 蛋白質降解過程
然后将总结开发各种TPD技术的最新进展，并强调它们在疾病治疗中的潜在应用。 MTORC1促进细胞生长的过程主要由生长因子、能量状态、含氧量和氨基酸等多种信号调节。 参与调节mTORC1活性的最重要蛋白质是结节性硬化症复合物TSC（Tuberous Sclerosis Complex）。 而Rheb作为小Ras相关GTP酶，在活性状态下会激活mTORC1。 它不是选择分子量相对较高的起始分子，而是对一个协助伙伴进行一组简单的低亲和力小分子片段搜索，并通过基于结构的策略逐步建立抑制剂。 对于该策略，结合热点的确定对于定义分子可以有效结合与同源伴侣竞争的关键位置特别有用。
事实上，适应性耐药是由突变KRAS的重新激活还是剩余野生型KRAS、HRAS和/或NRAS的激活介导的，目前尚不清楚。 Adagrasib是第二个进入临床试验的KRASG12C抑制剂，根据I/II期KRYSTAL-1试验的数据，FDA授予其对晚期KRASG12 C突变非小细胞肺癌的突破性疗法认定。 该试验的数据于2021在欧洲医学肿瘤学会（ESMO）上发表，结果显示：DCR达到96%，在51名可评估患者中有23例（45%）PR，另有26例SD。 影响RAS–RAF–MEK–ERK通路组分的突变，包括各种RTK、SHP2、NF1、RAS蛋白、RAF家族成员或MEK1/MEK2，可导致该通路异常激活并致癌。 RAS突变或扩增是人类癌症中最常见的突变：KRAS最常发生改变，尤其是在实体肿瘤中；NRAS突变存在于黑色素瘤和许多血液恶性肿瘤中；HRAS突变主要发生在膀胱癌、甲状腺癌、宫颈癌和头颈癌。
靶蛋白: 生物应用相关
尽管遗传学证据有力地支持了Aβ在AD疾病发生中的核心作用，但靶向Aβ的治疗药物极高的失败率让科学家们对淀粉样蛋白学说和衍生的干预策略进行了深入反思，同时也对新的治疗靶点提出了迫切的需求。 总之，该研究证明了PDCD5作为一种体内平衡介质，通过传递负反馈来调节心脏纤维化过程。 靶蛋白 该研究结果表明，在大量心脏纤维化患者中，血清PDCD5水平升高，以及在小鼠模型中，PDCD5过表达有效预防心肌梗死后不良心脏重构的能力。
- 传统的肿瘤靶向治疗主要是抑制与肿瘤相关的各种激酶，然而，许多肿瘤相关靶点是没有催化活性口袋的蛋白质，这让传统的占位驱动型抑制剂难以进行靶向结合。
- 据不完全统计，截至目前，我国在研的TPD药物有几十款，它们的主要适应症为癌症，也涉及阿尔茨海默病、自身免疫性疾病等其他疾病。
- 通过蛋白酶体和溶酶体途径的靶向蛋白质降解(TPD)代表了探索细胞途径的新工具和有前途的治疗方法。
- 通过特异性识别突变的亨廷顿蛋白，ATTEC为亨廷顿病的治疗提供了新的可能性。
- 总之，该研究证明了PDCD5作为一种体内平衡介质，通过传递负反馈来调节心脏纤维化过程。
- 而当mTORC1激活后，直接磷酸化PRAS40和Deptor，降低他们的抑制作用并进一步激活mTORC1信号传导。
- 也可以使用晶体接触来找到新的结合位点，并通过连接片段增加分子的大小。
- PhD在现在这个组，我们组是个纯计算组，做的是结构生物学，我们专攻方向是小分子抑制剂开发，以及相关对接（docking，看之前回答应该是翻译成对接吧）软件的开发，所以在相关方面还是有一定了解。
“根据‘类药五规则’，小分子药物的分子量要在500道尔顿以下，但PROTAC分子量大都在700道尔顿以上，分子量大会导致化合物透膜率低。 大部分靶蛋白都存在于细胞内，只有PROTAC分子足够小，能穿过细胞膜，才会提高降解活性。 这些患者既往因去势敏感性疾病和CRPC接受过1-2种激素药物和至少1种既往化疗。
靶蛋白: 細胞凋亡
C-Myc tag已成功应用在 Western-blot杂交技术、免疫沉淀和流式细胞计量术中, 可用于检测重组蛋白质在靶细胞中的表达。 纯化：该表达系统表达的GST标签蛋白可直接从细菌裂解液中利用含有还原型谷胱甘肽琼脂糖凝胶亲和树脂进行纯化。 GST标签蛋白可在温和、非变性条件下洗脱，因此保留了蛋白的抗原性和生物活性。 GST在变性条件下会失去对谷胱甘肽树脂的结合能力，因此不能在纯化缓冲液中加入强变性剂如：盐酸胍或尿素等。
陆军军医大学王延江教授、中南大学严小新教授、中国科学技术大学申勇教授、浙江大学脑库为本文研究提供了重要的患者样品。 厦门大学神经科学研究所的创始人许华曦教授生前对本研究给予了宝贵建议和悉心指导，研究团队谨以此工作对许华曦教授表示深切的怀念。 生物學靶點（英語：Biological target）是指位於生物體內，能夠被其他物質（配體、藥物等）識別或結合的結構。 总之，体内和体外数据表明，PDCD5是心脏纤维化过程中SMAD3的新靶点，通过促进HDAC3泛素化，作为抑制因子负性调节心肌梗死后的纤维化过程。
靶蛋白: 药物靶点转运体
一项临床前研究发现通过上调药物外排泵MDR1产生耐药，表明联合MDR1抑制剂有助于克服耐药。 需要持续对接受PROTAC治疗的患者进行监测评估，以确认临床中是否存在临床前耐药机制。 重点来说说另一类设计分子的方式，也就是de novo design吧，我个人认为这将是小分子抑制剂设计的发展方向。 这一类方式最大的好处在于不用再受到所使用的化合物库的限制，理论上能够通过不断地排列组合来探索一个极其大，甚至于覆盖整个的chemical space。 据我所知，市面上目前还没有一款软件能真正完成这样的功能，我见到过一些软件能做一些类似于通过排列组合生成新的化合物之类的模拟，但是似乎并没有太大的影响力。
- P70核糖体S6激酶 (S6K) 和真核起始因子eIF4E的结合蛋白 4EBP。
- 李志裕指出，很多蛋白质具有生理功能，去除整个蛋白质，难以预测会给人体带来哪些负面影响；其次，PROTAC等TPD药物的合成很复杂，开发速度慢、成本高，还需要优化合成步骤。
- 常用KRAS抑制剂sotorasib和adagrasib的结合位点由KRASG12C的12、68、95和96位的氨基酸残基形成；因此，影响这些残基的突变与耐药性特别相关。
- 该试剂盒已得到美国FDA批准，在美国上市使用，进入医保支付范围。
- 同时，de novo design也可以被用来在已知活性的小分子为基础的设计，可以将小分子的全部或者部分保留，以此为基础做设计，这样的话可以完成自动化程度更高的analog design。
- 目前，TPD蛋白降解剂主要依赖泛素-蛋白酶体（如蛋白水解靶向嵌合体PROTACs）或者溶酶体（如溶酶体靶向嵌合体LYTACs)，而这两者是真核细胞有膜细胞器（如线粒体、叶绿体、过氧化物酶体等）内所不具备的。
与LYTAC相比，双特异性适体嵌合体利用靶向CI-MPR和跨膜POI的DNA适体（图7）。 韩团队设计了第一个双特异性适配体嵌合分子A1-L-A2，其中A1和A2分别与CI-MPR和另一个POI特异性结合，L代表接头DNA。 建模和设计工具，如Rosetta已经达到了足够的准确性以便能够指导结合剂的合理设计。 将合理的设计策略与最先进的显示技术相结合，为结合剂类的多样化打开了很大的视角。 突变逃逸是指在治疗时产生的耐药性突变，在治疗前无法检测到。 常用KRAS抑制剂sotorasib和adagrasib的结合位点由KRASG12C的12、68、95和96位的氨基酸残基形成；因此，影响这些残基的突变与耐药性特别相关。
靶蛋白: 药物靶点药物中间体
這一作用機制目前還不清楚，但有人推測這種現象只特異性地發生於靜止狀態的細胞或者這是由於促細胞凋亡激酶JNK（英語：JNK）的活性差異所導致的。 [55]由於蛋白酶抑制劑可以誘發處於快速分裂中的細胞（如癌細胞）的凋亡，因此一些蛋白酶抑制劑已經被開發並作為化療藥品被用於治療癌症。 蛋白酶體的組分通常根據它們的斯維德伯格沉降係數（以「S」來標記）來命名。 最普遍的蛋白酶體的形式是26S蛋白酶體，其分子量約為2000kDa，包含有一個20S核心顆粒和兩個19S調節顆粒。
